近日,西部(重庆)科学城种质创制大科学中心柑橘团队,国家柑橘品种改良中心研制的首款柑橘液相育种芯片获得国家发明专利授权(专利号:ZL202310298166.5)。
育种芯片是生物育种体系中种质资源基因型检测的重要工具,在农作物遗传改良与育种研究中发挥重要作用。然而,目前尚无成熟的柑橘基因分型芯片。为提高柑橘育种效率、加快柑橘育种进程,开发一款经济、高效的基因分型芯片十分必要。
柑橘团队陈善春研究员、何永睿研究员和李强副教授等以国家柑橘种质资源圃300多个代表性柑橘品种为材料(包括宽皮柑橘、橙、柚和柠檬等多类重要材料),通过深度重测序筛选出4万余个核心SNP位点。同时,加入了数千个与柑橘重要性状紧密关联的SNP位点,利用博瑞迪生物的靶向捕获技术开发了柑橘全基因组40K液相育种芯片-橘芯1号。
该芯片为世界首款柑橘液相芯片,填补了国内空白。橘芯1号液相育种芯片的位点检出率大于96%,能够针对同一个SNP位点进行多次检测,变异位点鉴定的准确性相比传统的固相芯片更高;液相芯片的基因分型成本仅为传统固相芯片的十分之一,能够低成本、高通量地进行柑橘基因分型,进一步为资源鉴定、全基因组关联、遗传分析等提供基因组学资源。橘芯1号液相芯片的使用将为开展柑橘生物育种,开发柑橘全基因组选择育种平台打下基础,有助于提高育种效率,在培育高产、优质的柑橘新品种方面具有巨大的应用前景。
柑橘团队成员李强副教授为第一发明人,喻奇缘、陈善春、何永睿、张晨希、线宝航、贾瑞瑞、龙琴、傅佳、雷天刚为共同发明人;正在通过PCT途径申请美国专利(申请号:PCT/CN2023/088049)。该成果得到了国家重点研发计划项目(2022YFD1201600)、现代农业(柑桔)产业技术体系(CARS-26)和西部(重庆)科学城种质创制大科学中心项目等资助。