宋佳明

理学博士，含弘研究员，博士生导师

长期从事作物基因组学研究，围绕作物重要农艺性状形成的遗传基础与演化规律开展系列研究。研究成果以第一或通讯作者在Nature Plants, The Plant Cell, Molecular Plant, Plant Biotechnology Journal, Plant Physiology等国际知名刊物发表，2篇入选ESI高被引及热点论文。入选中国科协“青年人才托举工程”、重庆市“巴渝学者”青年学者项目，担任中国生化学会农业分会青年委员，JGG和GPB杂志青年编委，Front Plant Sci编辑、Genome Biol、Nucleic Acids Res、Hortic Res、Plant Biotechnol J、Plant Commun等杂志审稿人。

研究方向

1. 油菜优异种质资源形成与演化机制

2. 油菜耐密高产基因挖掘和分子机制解析

3. 基因组大数据辅助设计育种平台

教育经历

2011.09-2015.06：华中农业大学，生物信息学，本科/理学学士

2012.03-2015.06：华中科技大学，计算机科学与技术，双学位/工学学士

2019.02-2020.02：美国亚利桑那大学，博士联培（导师：Rod A. Wing/张建伟）

2015.09-2020.06：华中农业大学，生物信息学，博士研究生/理学博士（导师：陈玲玲）

工作经历

2023.11-至今：西南大学农学与生物科技学院，含弘研究员

2022.1-至今：西部（重庆）科学城种质创制大科学中心， 油菜种质创制团队科研人员

2020.08-2023.10：广西大学生命科学与技术学院，副教授

科研项目

重庆市技术创新与应用发展重大专项项目（2024-2027），主持，在研

重庆市巴渝学者青年学者项目（2024-2027），主持，在研

四川省自然科学基金青年项目（2025-2026），主持，在研

中国科协“青年人才托举工程”项目（2022-2024），主持，在研

西南大学高层次人才启动项目（2024-2028），主持，在研

国家自然科学基金青年项目（2022-2024），主持，结题

国家重点实验室自主专项（2022-2024），主持，结题

国家重点实验室青年人才专项（2023-2024），主持，结题

广西科技基地和人才专项（2023-2024），主持，结题

近五年代表性论文（*:通讯作者；#共同第一作者）

1. Song, J. M.#, Guan, Z.#, Hu, J.#, Guo, C., Yang, Z., Wang, S., Liu, D., Wang, B., Lu, S., Zhou, R., Xie, W. Z., Cheng, Y., Zhang, Y., Liu, K.*, Yang, Q. Y.*, Chen, L. L.* & Guo, L.* (2020). Eight high-quality genomes reveal pan-genome architecture and ecotype differentiation of Brassica napus. Nature Plants, 1-12. (ESI热点论文，ResearchGate统计引用584次)

2. Song, J. M.#, Xie, W. Z.#, Wang, S.#, Guo, Y. X., Koo, D. H., Kudrna, D., Gong, C., Huang, Y., Feng, J. W., Zhang, W., Zhou, Y., Zuccolo, A., Long, E., Lee, S., Talag, J., Zhou, R., Zhu, X.T., Yuan, D., Udall, J., Xie, W., Wing R. A., Zhang Q., Poland J., Zhang J.*, Chen L. L.* (2021). Two gap-free reference genomes and a global view of the centromere architecture in rice. Molecular Plant, 14(10), 1757–1767. (ESI热点论文)

3. Song, J. M.#, Liu, D. X.#, Xie, W. Z., Yang, Z., Guo, L., Liu, K., Yang, Q. Y.*, & Chen, L. L.* (2021). BnPIR: Brassica napus pan-genome information resource for 1689 accessions. Plant Biotechnology Journal, 19(3), 412–414.

4. Zhong, Y.#, Luo, Y.#, Sun, J.#, Qin, X., Gan, P., Zhou, Z., Qian, Q., Zhao, R., Zhao, Z., Cai, W., Luo, J.*, Chen, L.L.*, Song, J. M.* (2024). Pan-transcriptomic analysis of rice under cold stress reveals alternative splicing control of cold tolerance. The Plant Cell, 36(1)，2117–2139.

5. Xu, X. D., Zhao, R. P., Xiao, L., Lu, L., Gao, M., Luo, Y. H., Zhou, Z. W., Ye, S. Y., Qian, Y. Q., Fan, B. L., Shang, X., Shi, P., Zeng, W., Cao, S., Wu, Z., Yan, H. *, Chen, L. L. *, & Song, J. M.* (2023). Telomere-to-telomere assembly of cassava genome reveals the evolution of cassava and divergence of allelic expression. Horticulture Research, 10(11), uhad200.

近三年其他论文（*:通讯作者；#共同第一作者）

1.  Song, J. M., Lei, Y., Shu, C. C., Ding, Y., Xing, F., Liu, H., Wang, J., Zhang, J. W.* & Chen, L.L.* (2018). Rice Information GateWay: a comprehensive bioinformatics platform for indica rice genomes. Molecular Plant, 11(3), 505-507.

2.  Wang, S.#, Qian, Y. Q.#, Zhao, R. P., Chen, L. L.*, & Song, J. M.* (2023). Graph-based pan-genomes: increased opportunities in plant genomics. Journal of Experimental Botany,74(1), 24–39.

3.  Zheng, Y. Y.#, Chen, L. H.#, Fan, B. L.#, Xu, Z., Wang, Q., Zhao, B. Y., Gao, M., Yuan, M. H., Tahir Ul Qamar, M., Jiang, Y., Yang, L., Wang, L., Li, W., Cai, W., Ma, C., Lu, L., Song, J. M.*, & Chen, L. L.* (2023). Integrative multi-omics profiling of passion fruit reveals the genetic basis for fruit color and aroma. Plant Physiology, kiad640.

4.  Xie, W. Z.#, Zheng, Y. Y.#, He, W., Bi, F., Li, Y., Dou, T., Zhou, R., Guo, Y. X., Deng, G., Zhang, W., Yuan, M. H., Sanz-Jimenez, P., Zhu, X. T., Xu, X. D., Zhou, Z. W., Zhou, Z. W., Feng, J. W., Liu, S., Li, C., Yang, Q., Hu, C., Gao, H., Dong, T., Dang, J., Guo, Q., Cai, W., Zhang, J., Yi, G., Song, J. M.*, Sheng, O. *, and Chen, L. L. * (2023). Two haplotype-resolved genome assemblies for AAB allotriploid bananas provide insights into banana subgenome asymmetric evolution and Fusarium wilt control. Plant Communications, 100766.

5.  Hong, L., Xu, X. D., Yang, L., Wang, M., Li, S., Yang, H., Ye, S. Y., Chen, L. L., & Song, J. M.* (2024). Construction and analysis of telomere-to-telomere genomes for 2 sweet oranges: Longhuihong and Newhall (Citrus sinensis). GigaScience, 13, giae084.

6.  Zhou, Z. W., Yu, Z. G., Huang, X. M., Liu, J. S., Guo, Y. X., Chen, L. L.*, & Song, J. M.* (2022). GenomeSyn: a bioinformatics tool for visualizing genome synteny and structural variations. Journal of Genetics and Genomics, 49(12), 1174–1176.

7.  Song, J. M.#, Zhang, Y.#, Zhou, Z. W., Lu, S., Ma, W., Lu, C., Chen, L. L.*, & Guo, L.* (2022). Oil plant genomes: current state of the science. Journal of Experimental Botany, 73(9), 2859–2874.

8.  Wang, H., Li, X., Meng, B., Chang, W., Zhang, M., Miao, L., Wei, S., Yang, H., Li, S., Fan, Y., Qian, M., Chen, Y., Khan, S. U., Wei, L., Qu, C., Li, J., Song, J.*, & Lu, K.* (2024). Deciphering the Arf (ADP-ribosylation factor) gene family in Brassica napus L.: Genome-wide insights into duplication, expression, and rapeseed yield enhancement. International Journal of Biological Macromolecules, 282(5), 137257.

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